Chương trình đào tạo thạc sĩ Công nghiệp văn hóa và sáng tạo
Chương trình đào tạo thạc sĩ Công nghiệp văn hóa và sáng tạo (CNVH&ST) được thiết kế và tổ chức đào tạo theo định hướng ứng dụng, nhằm cung cấp nguồn nhân lực chất lượng cao có cách tiếp cận liên ngành, có năng lực đổi mới sáng tạo, năng lực kinh doanh – khởi nghiệp và khả năng ứng dụng các nền tảng công nghệ trong giải quyết các vấn đề thực tiễn của các ngành CNVH&ST.
Chương trình đào tạo Thạc sĩ Quản lí phát triển đô thị
Chương trình đào tạo Thạc sĩ Quản lí phát triển đô thị của VNU-SIS được xây dựng theo định hướng liên ngành và ứng dụng, cung cấp cho người học hệ thống tri thức và công cụ quản lí hiện đại nhằm giải quyết các vấn đề phức hợp của đô thị đương đại. Chương trình chú trọng tư duy chiến lược, năng lực phân tích chính sách, quản trị không gian – hạ tầng – xã hội đô thị, hướng tới đào tạo đội ngũ chuyên gia có khả năng tham gia hoạch định, quản lí và dẫn dắt quá trình phát triển đô thị bền vững trong bối cảnh chuyển đổi nhanh của kinh tế, xã hội và môi trường.
Chương trình đào tạo Thạc sĩ Biến đổi khí hậu
Biến đổi khí hậu (BĐKH) là lĩnh vực học thuật có tính liên ngành cao và nội dung hàm chứa kiến thức tổng hợp của nhiều ngành thuộc nhiều lĩnh vực khác nhau. Chương trình Thạc sĩ Biến đổi Khí hậu là chương trình đào tạo thạc sĩ trong lĩnh vực này lần đầu tiên được tổ chức tại Việt Nam từ năm 2011. 
Chương trình đào tạo Thạc sĩ Di sản học
CTĐT Thạc sĩ Di sản học của VNU-SIS được thiết kế theo định hướng nghiên cứu và ứng dụng, trang bị cho người học nền tảng tri thức hiện đại về di sản trong bối cảnh đương đại, từ bảo tồn, quản lý đến phát huy giá trị gắn với phát triển bền vững, công nghiệp văn hóa và sáng tạo.
Chương trình đào tạo Thạc sĩ Khoa học bền vững
Khoa học bền vững là lĩnh vực học thuật mới mẻ không chỉ ở Việt Nam mà trên cả bình diện thế giới. Việc xây dựng và đưa vào đào tạo chương trình Thạc sĩ Khoa học bền vững là một sự kiện có ý nghĩa quan trọng của ĐHQGHN. Chương trình đào tạo Thạc sĩ Khoa học bền vững lần đầu tiên được tuyển sinh và đào tạo tại Khoa Các khoa học liên ngành, Đại học Quốc gia Hà Nội từ năm 2014.